Lisansüstü eğitimin amacı, farklı çalışma alanlarında ulusal ve uluslar arası düzeyde üstün nitelikli insan gücü yetiştirmek, bilim ve teknolojinin gelişimine katkıda bulunmak, bölge ve ülke kalkınmasına yönelik AR-GE çalışmalarına öncülük etmektir. Lisansüstü eğitim, üniversiteler bünyesindeki enstitüler ile yürütülmektedir. Enstitüler, disiplinler arası iletişimi ve eş güdümü sağlayarak, lisansüstü programlar açmak ve araştırmaların yürütülmesini sağlamakla sorumludur. Üniversitelerin bilimsel ve akademik seviyeleri Enstitülerin yapmış olduğu bilimsel çalışmalar ile ölçülmektedir.
Fen Bilimleri Enstitüsü 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Namık Kemal Üniversitesi kuruluş kanununun Ek Madde 62(d) bendi uyarınca, Rektörlüğe bağlı olarak kurulmuştur.
Yükseköğretim Genel Kurulunun 02.02.2007 tarihli onayı ile Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsünde bulunan 13 Anabilim dalının, Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsüne aktarılmasıyla 2006-2007 Eğitim-Öğretim Yılı Bahar Yarıyılında faaliyetine başlamıştır.
Üniversitemizin gelişimi ile birlikte; 2019-2020 Öğretim Yılı başlangıcı itibariyle 18 Doktora Programı, 21 Tezli Yüksek Lisans Programı ve 1 Uzaktan Eğitim Tezsiz Yüksek Lisans Programı olmak üzere toplam 40 lisansüstü program bulunmaktadır.
Bunlardan disiplinler arası olarak kurulan Çevre Bilimleri ve Teknolojileri Doktora Programına, Çevre Mühendisliği ve Kimya doktora programlarının açılması ile birlikte öğrenci alınmamasına karar verilmiş olup, mevcut öğrenciler öğrenimlerine devam etmektedir. Uzaktan Eğitim Tezsiz Yüksek Lisans Programı da 2021-2022 güz yarıyılı itibari ile eğitim öğretim faaliyetine başlamıştır.